Como objeto del conocimiento científico el espíritu no tiene cabida, porque la ciencia fundamenta la verdad en:

1. La evidencia de la percepción.
2. La  demostración empírica.
3. Lo predicho por el cálculo matemático.

A cada uno de esos métodos les asigna mayor o menor relevancia, pero todos ellos se apoyan en el análisis de la manifestación de la materia, sea cual sea su forma o estado.
El espíritu, por su condición inmaterial, queda excluido del ámbito de la ciencia, pues ni siquiera el intento de justificarlo como antimateria lo consentiría, pues ésta refiere a la condición contraria a la materia, mientras que el espíritu, como lo define la filosofía, realmente supone una sustancia inmaterial opuesta contradictoriamente a la materia: Toda  materia no es espíritu, y todo espíritu no es materia.
Esa exclusión mutua entre materia y espíritu es la que imposibilita que la ciencia pueda abarcar la realidad espiritual: ni puede afirmarla, porque no encuentra en ella rastro de materia sobre la que sustentar su investigación; ni puede negarla, por la imposibilidad metafísica de definir algo, ni siquiera la inexistencia, sobre lo que no puede ser objeto material de la misma.
La propia disciplina filosófica puede haber influido en la confusión de mezclar lo espiritual y lo material, pues la persona humana, siendo el mismo sujeto que conoce de lo material y de lo espiritual, durante siglos tuvo a bien definir uniformemente su sabiduría sobre lo uno y lo otro, como forma de explicar una realidad que realmente abarcaba dos realidades opuestas para su conjunción, pero no en la posibilidad de su coexistencia. Precisamente la exclusión de lo espiritual del conjunto del objeto de la ciencia que dictó el positivismo ha facilitado que la filosofía, excluida de la ciencia, pueda reconocerse como la disciplina específica de la realidad espiritual.
La condición inmaterial del espíritu exige que su existencia sólo pueda ser reconocida mediante la  intuitiva experiencia del conocimiento del mismo ser que es, no por ningún otro, pues su inmaterialidad la hace imperceptible a toda aprensión material de su forma. Consecuencia de ello es que cada ser humano puede reconocerse como espiritual, pero nadie puede afirmar de otra persona que posea alma, sino por la analogía de la forma de ser del otro respecto a la propia persona. Así, sería posible que  la ciencia y la técnica pudieran en el futuro diseñar y construir un robot materialmente tan perfecto que se comportara fisiológicamente como un cuerpo humano, respondiendo incluso con sus características sensaciones, e incluso que su diseñador reduplicara en él su propia sicología mediante la programación de todos y cada uno de los modos de respuesta que configuran sus sentimientos, tal y como su propia experiencia le apuntara a cómo él obraría en cada caso; no obstante, lo imposible a reduplicar en ese proyecto sería la conciencia de cualquier otra persona, por lo inaccesible de penetrar las intuiciones específicas de una potencia espiritual más allá de lo que ésta manifieste de su forma y manera de ser.
Dado que gran parte del conocimiento nos llega a través del estudio de las ciencias aplicadas, en el ámbito académico se ha tendido a que la experiencia de la realidad espiritual humana sea entendida como un producto del efecto de las radiaciones inherentes a las partículas que conforman los elementos más simples y menos conocidos de la materia. O sea, que lo inmaterial de la actividad espiritual, como son los sentimientos, los juicios, la razón, la voluntad y la libertad, forma también producto de la consecuencia del principio que originó el cosmos mediante la disgregación de la materia.
Aunque la naturaleza de lo espiritual, y en particular lo relativo al alma humana, ha supuesto uno de los principales enigmas a descifrar en la historia de la filosofía, las teorías al respecto se han referido más a su caracterización existencial por la especulación sobre sus efectos que a su causa u origen, posiblemente por la dificultad que su sutileza ofrece para justificar las conjeturas que se pudieran elaborar. Lo cierto es que no existe razón para considerar que el origen de la materia y el espíritu sea uno mismo y único, pues como dos realidades tan distintas lo lógico es que tuvieran origen diverso; lo que implica ser sustancias independientes una y otra desde siempre, aunque en la realización del ser humano lo sea así por la confluencia de ambas sustancias en un mismo ser, al que confiere el espíritu su característica singularidad personal sobre cada porción de la misma y común materia prima que constituye el cuerpo humano.
 

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